Ideile lui Rousseau despre educație sunt expuse în principal în lucrarea Émile. În aceasta, el dezvoltă conceptul de „educație negativă”, o formă de educație centrată pe copil. Ideea sa esențială este aceea că educația trebuie realizată, pe cât posibil, în armonie cu dezvoltarea naturală a capacităților copilului, printr-un proces de descoperire aparent autonomă. Aceasta se află în contrast cu un model de educație în care profesorul este o figură de autoritate care transmite cunoștințe și abilități conform unui curriculum prestabilit. Rousseau se bazează aici pe teza bunătății naturale a copilului, pe care o afirmă încă de la începutul cărții, iar proiectul său educațional urmărește protejarea și dezvoltarea acestei bunătăți prin diferite etape, izolând copilul de voințele dominatoare ale celorlalți.

Până cel puțin la adolescență, programul educațional constă într-o serie de manipulări ale mediului realizate de tutore. Copilului nu i se spune ce să facă sau ce să gândească, ci este condus să își formuleze propriile concluzii în urma propriilor experiențe, într-un context controlat atent. Prima etapă începe din copilărie, iar preocuparea lui Rousseau este să evite transmiterea ideii că relațiile umane sunt, în mod natural, relații de dominație și subordonare. Deși copilul trebuie protejat de pericole fizice, Rousseau consideră important ca el să își exerseze liber capacitățile corporale, motiv pentru care recomandă ca acesta să fie lăsat cât mai liber, nu restricționat.

De la aproximativ doisprezece ani, programul avansează spre formarea gândirii abstracte și a competențelor intelectuale, nu prin cărți sau lecții formale, ci prin experiențe practice. A treia etapă corespunde pubertății și începutului vieții adulte. Perioada izolării se încheie, iar tânărul începe să se intereseze de ceilalți și de modul în care este perceput. Aici apare riscul dezvoltării excesive a amour propre (dragostea de sine competitivă), care îl poate face să caute aprecierea altora într-un mod dominator. Sarcina tutorelui este să orienteze relațiile elevului cu ceilalți prin sentimentul de pitié (compasiune), pentru ca tânărul să își dobândească sentimentul propriei valori morale într-un mod necompetitiv. În ultima etapă, tutorele devine un sfătuitor de încredere, iar adultul tânăr își găsește un partener de viață, ceea ce constituie o altă sursă de recunoaștere bazată pe respect reciproc. Această etapă include și înțelegerea lumii sociale și a principiilor politice ale lui Rousseau.

Pe lângă educația individuală, Rousseau discută și educația în masă a cetățenilor, în special în Discurs asupra economiei politice și Considerații asupra guvernării Poloniei. Acolo, el pune accent pe formarea unor cetățeni patrioți, devotați voinței generale și legii, considerând educația una dintre principalele responsabilități ale autorităților. El respinge segregarea educațională pe clase sociale și susține existența unor instituții comune pentru toți, gratuite sau la preț accesibil.